| 北海道 | 西岡水源地（札幌市・ヘイケボタル）／網走カエルの里／丸瀬布町森林公園いこいの森（ヘイケボタル）／栗山町御大師山（オオムラサキ） |
| 青森 | 弘前市こどもの森（ゲンジボタル）／天間館神社コウモリ小舎（天間林村・トウヨウヒナコウモウリ） |
| 岩手 | 花巻温泉釜淵の滝（ゲンジボタル）／秋田川チョウセンアカシジミの里（野田村） |
| 宮城 | 東和町の源氏ボタル生息地 |
| 山形 | 東沢ゲンジボタル保護地（山形市）／小野川「ホタル」の里（米沢市・ゲンジボタル）／大石田町ギフチョウ・ヒメギフチョウ混棲地域／人と蝶とふれあう里（小国町）／川西町チョウとトンボと古墳の公園（チョウセンアカシジミ、ハッチョウトンボ）／白井新田のハッチョウトンボ生息地（遊佐町） |
| 福島 | 郡山市麓山（はこやま）公園弁天池「ほたるの里づくり」（現在閉鎖） |
| 茨城 | 下妻市「横根オオムラサキ生息地」／潮来町「あやめ蛍の里」（ゲンジボタル）／水戸市「七つ洞」（ゲンジボタル）／水戸市「常照寺池」（ゲンジボタル）／つくば市「ゆかりの森」（カブトムシ）／日立市「ハッチョウトンボの里」／大子町「氷河期の里」（ヤマネ） |
| 栃木 | ミヤコナタゴ保護地（大田原市・見学不可）／イトヨ生息地（大田原市・見学不可）／名草ほたるの里（足利市・ゲンジボタル） |
| 群馬 | 黒川（桐生市・ゲンジボタル／太田市ホタルの里（ゲンジボタル）／月夜野町おらが里のホタル鑑賞池（ゲンジボタル）／箱島鳴沢ホタル園（東村・ゲンジボタル） |
| 埼玉 | 熊谷市ムサシトミヨ生息地／嵐山町オオムラサキの里（嵐山町）／川口市ほたるの里（ヘイケボタル） |
| 千葉 | 大原町源氏ぼたるの里 |
| 東京 | 杉並区善福寺公園（ゲンジボタル） |
| 神奈川 | 横浜自然観察の森（ゲンジボタル）／鎌倉市大町逆川（ゲンジボタル）／七沢ホタルの里（厚木市・ゲンジボタル）／秦野市ホタル生息地（ゲンジボタル）／ホタルの里・寄（やどりぎ）（松田町・ゲンジボタル）／松葉沢ホタル生息地（愛川町・ゲンジボタル） |
| 新潟 | ホタルの里越路町（ゲンジボタル） |
| 富山 | あしつき公園（高岡市・ゲンジボタル） |
| 石川 | 羽咋市ホクリクサンショウウオの里 |
| 福井 | 一乗谷ゲンジボタルの里（福井市） |
| 山梨 | ホタルの里一色（下部町・ゲンジボタル）／国蝶オオムラサキ観察遊歩道（長坂町）／小田川ほたるの里（韮崎市・ゲンジボタル） |
| 長野 | 上川源氏ホタルの里づくり（諏訪市・ゲンジボタル）／立石公園国蝶オオムラサキの里づくり（諏訪市）／ホタルの里たつの（辰野町・ゲンジボタル）／大町市農具川ゲンジボタルの里／長野市安茂里（あもり）地籍犀川左岸コムラサキ集団生息地／木島平村柳久保地区（ゲンジボタル）／大妻籠花菖蒲園（南木曽町・ゲンジボタル）／飯田市ギフチョウ公園 |
| 岐阜 | 岐阜市西郷板屋川ホタルの里（ゲンジボタル）／トンボ天国（笠松町・トンボ33種）／杭瀬川の蛍生息地（大垣市・ゲンジボタル）／本巣町源氏ボタル／寺田川（関市・ゲンジボタル）／美濃市神洞（かんぼら）ホタルの里（ゲンジボタル）／三和町源氏ボタル生息地（美濃加茂市）／堀田川の蛍（蛭川村・ゲンジボタル）／門和佐川流域のゲンジボタル（下呂町） |
| 静岡 | 柿田川（清水町・トンボ15種）／小田貫湿原（富士宮市・トンボ29種）／川根町「野森の池」（ウチワトンボ）／桶ヶ谷沼（磐田市・マルタンヤンマ）／上石野「ホタルの里」（袋井市・保全活動停止） |
| 愛知 | 岡崎源氏蛍発生地（岡崎市）／ホタルの飛びかう町づくり（阿久比町・ヘイケボタル） |
| 滋賀 | 石山源氏蛍（大津市）／守山市鳩の森公園（ゲンジボタル）／愛知川（えちがわ）辺林（八日市市・森林保全）／かぶと山蝶の楽園（近江町・オオムラサキ）／ホタルの里山東町（ゲンジボタル） |
| 京都 | 八木町ホタルの里（ゲンジボタル）／ガラシャの里・味土野（みどの）（弥栄町・カジカガエル） |
| 兵庫 | 住吉川上流（神戸市・カワニナの放流）／あまがさきホタルの里（尼崎市・ゲンジボタル）／山口町のモリアオガエル（西宮市）／ホタルの森（丹南町・ゲンジボタル）／米地（めいち）川（養父（やぶ）町・ゲンジボタル） |
| 奈良 | 山の辺の道トンボ・チョウ・ホタルの里（天理市・オニヤンマ）／明日香村国蝶オオムラサキの里（明日香村） |
| 和歌山 | かつらぎ町天野の里（ゲンジボタル）／源氏ボタルを育てる会（貴志川町） |
| 鳥取 | 鳥取市ホタルの里（ゲンジボタル） |
| 島根 | 猪目川のカジカガエル（平田市） |
| 岡山 | ほくぼうホタルの里（北房町・ゲンジボタル） |
| 広島 | 谷迫川ホタルの里（広島市・ゲンジボタル）／おくはたホタルの里（広島市・ゲンジボタル）／ホタルの里づくり（東広島市・ゲンジボタル） |
| 山口 | 宮野ホタルの里（山口市・ゲンジボタル）／一の坂川ホタルロード（山口市・ゲンジボタル）／木屋川ゲンジボタル（豊田町） |
| 徳島 | 美郷のホタル生息地（美郷村・ゲンジボタル） |
| 香川 | 塩江町ホタルと文化の里（ゲンジボタル） |
| 愛媛 | 今治市ホタルの里（ゲンジボタル）／双海（ふたみ）町翠地区ほたるの里（ゲンジボタル） |
| 高知 | トンボ自然公園（中村市・トンボ62種） |
| 福岡 | 室見川中流一帯のほたる（福岡市・ゲンジボタル）／小熊野川ホタルの里（北九州市・ゲンジボタル）／ホタルの里若宮町（ゲンジボタル）／ホタルの里直方市（増殖活動停止）／牛頸（うしくび）ホタルの里（大野城市・ゲンジボタル） |
| 佐賀 | 祇園川のゲンジボタル（小城町）／ホタルの里有田町（活動停止） |
| 長崎 | 本河内高部貯水池上流（長崎市・ゲンジボタル） |
| 熊本 | 熊本市江津湖ホタルの里（ゲンジボタル）／山鹿市一ツ池のホタル（ゲンジボタル）／菊池ホタルの里（菊池市・ゲンジボタル）／轟公園と下津深江川（天草町・カジカガエル）／松島町永浦島のハクセンシオマネキ |
| 大分 | 大分市七瀬川ホタル保護地区（ゲンジボタル） |
| 宮崎 | 小林市出の山公園（ゲンジボタル） |
| 鹿児島 | ツマベニチョウの舞う里（指宿市） |